Naukowcy z PAN rozkładają koronawirusa na części

Jaką drogę przebył wirus SARS-CoV-2 zanim dotarł do Polski? Dlaczego niektórzy przechodzą chorobę COVID-19 bezobjawowo? Odpowiedzi na te i inne pytania można zdobyć dzięki procesowi sekwencjonowania genów. Na czym on polega? Wyjaśnia dr hab. Łukasz Łaczmański z Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu.

koronawirus-04-06-2020_32.jpg

Polska Akademia Nauk: Na czym polega sekwencjonowanie genomu SARS-CoV-2?

Łukasz Łaczmański, kierownik Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki:

Materiałem genetycznym wirusa SARS-CoV-2 jest RNA. Rozpada się ono znacznie łatwiej niż DNA, więc trudniej je badać. Sekwencjonowanie, czyli odczytywanie kolejności nukleotydów (cegiełek, z których zbudowane są RNA i DNA) jest dla nas dużym wyzwaniem. To wieloetapowy i skomplikowany proces, ale zdobyliśmy już doświadczenie podczas sekwencjonowania innych wirusów. Udało nam się otrzymać dwie sekwencje SARS-CoV-2 uzyskane z próbek pochodzących od pacjentów z Dolnego Śląska.

Oprócz naszego Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki w projekcie biorą też udział Zakład Biologii Molekularnej i Genetyki Klinicznej Uniwersytetu Jagiellońskiego - Collegium Medicum oraz Biobank Uniwersytetu Łódzkiego.

Dlaczego tak ważne jest poznanie sekwencji koronawirusa?

SARS-CoV-2 to wirus zmienny. Analizując różnice w jego genomie możemy prześledzić jak się rozprzestrzenia i skąd pochodzi. Po drugie: możemy lepiej poznać strukturę białek wirusa kodowanych przez ten genom. W przyszłości ułatwi to opracowanie odpowiedniej szczepionki. Dodatkowo liczymy na to, że uda się wyjaśnić, dlaczego niektórzy pacjenci przechodzą zakażenie bezobjawowo.

Jaka jest w tym projekcie rola Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki?

Pracujemy na wymazach od pacjentów. Oznacza to, że  w próbce – oprócz RNA wirusa – znajduje się jeszcze RNA człowieka. To dodatkowo utrudnia analizę. Nasza rola polega na testowaniu metody, która pozwoli obejść ten problem poprzez wyodrębnienie z próbki sekwencji pochodzących wyłącznie od wirusa. 

Kiedy mogą być pierwsze wyniki?

W tej chwili mamy zebraną większą część materiału i pracujemy nad stworzeniem idealnych warunków dla sekwencjonowania. Pierwszych efektów spodziewamy się za kilka do kilkunastu dni. Cały projekt będziemy realizować przez około 2-3 miesiące.

koronawirus-04-06-2020_1.JPG

koronawirus-04-06-2020_2.JPG

Źródło informacji i zdjęć: Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki