W Polsce mamy genetyczną mieszankę wielu typów koronawirusa

Wiemy to dzięki naukowcom z Instytutu Genetyki Człowieka PAN. Jako pierwsi przebadali oni wszystkie genomy wirusa SARS-CoV-2 obecnego w Polsce. Badacze dostrzegli też wybitną przewagę jednego typu patogenu w porównaniu z innymi krajami europejskimi.

Medyk wykonuje badania w laboratorium (widać dłonie w rękawiczkach)

Poznańscy badacze wzięli pod lupę 90 sekwencji (struktur materiału genetycznego) SARS-CoV-2 izolowanego w Polsce. Porównali je z 42 tysiącami sekwencji tzw. izolatów, czyli kultur wirusa przechowywanych w laboratorium w celach doświadczalnych. Takie dane gromadzi międzynarodowa baza GISAID.

Polskie sekwencje pochodzą z kilku krajowych ośrodków naukowych, w tym także z Instytutu Genetyki Człowieka PAN jako jedynego źródła takiej informacji w Wielkopolsce.

Wyniki badania

Koronawirus, który krąży w Europie, należy do sześciu powszechnie uznanych typów:

  • L, V, S – starszych, przeważających w chińskich próbkach z Wuhan,
  • G, GH, GR – najczęściej występujących na starym kontynencie.

Okazuje się, że większość polskich próbek należy do typu G: GR (53%), G (27%), GH i GHI (9%). W porównaniu z innymi krajami europejskimi badacze zaobserwowali u nas wybitną przewagę typu GR. Natomiast sekwencje z chińskich typów L, V i S stanowią zaledwie 6%.

Wnioski

W Polsce mamy zatem do czynienia z genetyczną mieszanką wielu typów i podtypów wirusa SARS-CoV-2. Prawdopodobnie to efekt transferu patogenu z różnych lokalizacji geograficznych. Bez wnikliwego wywiadu epidemiologicznego nie da się jednak określić, z jakiego kraju pochodzi dany przypadek transmisji i kiedy mogło do niego dojść.

Nadreprezentacja poszczególnych typów genetycznych koronawirusa w poszczególnych wybuchających ogniskach zakażenia wcale nie świadczy o szczególnym kierunku ewolucji wirusa w danej lokalizacji. Jest efektem transferu wirusa, jego gwałtownego namnożenia  oraz wybiórczego pobierania próbek z poszczególnych miejsc. Pokazuje to, jak istotne jest wprowadzenie szeroko zakrojonego programu testów genetycznych na obecność koronawirusa.

Czemu to takie ważne?

Kompletne informacje o podtypach wirusów krążących w danej populacji są ważne dla epidemiologii medycznej, diagnostyki i profilaktyki zakażeń. Przypisanie wyizolowanego wirusa do głównych typów zidentyfikowanych w Europie jest pierwszym krokiem w takich działaniach.

Jednak tylko sekwencjonowanie całego materiału genetycznego wirusa pozwala na wykrycie nowych mutacji specyficznych dla danej populacji. To niezbędne do rekonstrukcji lokalnych szlaków rozprzestrzeniania się infekcji oraz identyfikacji nieudokumentowanych lokalnych źródeł zakażenia COVID-19.

Dostęp do informacji o zmienności szczepów w Polsce pozwoli na dostosowanie przyszłych terapii czy szczepionek do specyfiki zakażeń w polskiej populacji.

Autorzy badania

Badania zmienności genetycznej koronawirusa prowadzą naukowcy z Instytutu Genetyki Człowieka PAN pod wspólnym kierunkiem prof. dr hab. n. med. Ewy Ziętkiewicz, prof. dr hab. n. med. Andrzeja Pławskiego i dyrektora instytutu prof. dr hab. n. med. Michała Witta.

Medyk wykonuje badania w laboratorium (widać dłonie w rękawiczkach)

Źródło informacji i zdjęć: Instytut Genetyki Człowieka PAN