Testy PCR w diagnozowaniu COVID-19

Na czym polegają testy PCR? Jakich informacji dostarczają? Przedstawiamy najważniejsze i sprawdzone informacje na temat tego typu diagnozowania COVID-19.

PCR_17_09_2020.png

W Polsce funkcjonują dziś dwa główne rodzaje testów stosowanych w diagnostyce zakażenia wirusem SARS-CoV2: serologiczne oraz genetyczny. Testy serologiczne, takie jak ELISA czy tzw. „szybkie testy kasetkowe”, pozwalają na sprawdzenie obecności przeciwciał przeciwko wirusowi SARS-CoV2 w organizmie pacjenta. Oznacza to, że odpowiadają wyłącznie na pytanie czy dany pacjent w przeszłości miał kontakt z wirusem i czy przeszedł chorobę COVID-19. Tego typu testy nie dostarczają informacji o potencjalnie trwającym zakażeniu. Żeby sprawdzić czy w danym momencie wirus znajduje się w drogach oddechowych pacjenta potrzebny jest test genetyczny typu PCR.

Taki test ‘MediPAN COVID test’ został np. opracowany przez Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk.

Czym są testy genetyczne PCR?

Testy genetyczne opierają się na reakcji łańcuchowej enzymu polimerazy z ang. polimerase chain reaction, stąd ich skrócona nazwa PCR. Twórcy tej metody zostali wyróżnieni Nagrodą Nobla w 1992 roku, a od tego czasu została ona znacznie udoskonalona. Testy oparte o reakcję PCR pozwalają m.in. na wykrycie materiału genetycznego wirusa w pobranej od pacjenta próbce. Dlatego wykorzystywane są od dawna w diagnostyce zakażeń wirusem HIV, gruźlicy czy boreliozy. Obecnie Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) rekomenduje je też do wykrywania zakażenia wirusem SARS-CoV2.

Na czym polegają testy PCR?

W przypadku wirusów dróg oddechowych, takich jak SARS-CoV-2, analizowaną próbkę pobiera się od badanego pacjenta w formie wymazu z nosogardzieli bądź gardła. Następnie, stosując odpowiednie techniki biologii molekularnej, izoluje się materiał genetyczny wirusa w postaci RNA. W kolejnym etapie, przy pomocy wspomnianej reakcji łańcuchowej polimerazy, unikalny i specyficzny fragment materiału genetycznego wirusa ulega powieleniu. Dzięki zastosowaniu odpowiednich barwników fluorescencyjnych, proces ten można obserwować w czasie rzeczywistym przy zastosowaniu wyspecjalizowanej aparatury, tzw. termocyklerów. Zazwyczaj, wyniki testów genetycznych na obecność wirusa SARS-CoV2 dostępne są w przeciągu 1-3 dni od momentu pobrania próbki od pacjenta.

Czy testy PCR są skuteczne?

Obecnie, testy molekularne (genetyczne) oparte o reakcje PCR są najskuteczniejszą i najlepszą metodą wykrywania wirusa SARS-CoV2. Jednak, ze względu na bardzo wysoką czułość tej metody, możliwe są tzw. wyniki fałszywie dodatnie, będące na przykład efektem zanieczyszczenia próbki. Na wynik badania wpływ ma też sposób pobrania próbki, jej transportu, przechowywania oraz metoda izolacji materiału genetycznego wirusa. Możliwe są więc też wyniki fałszywie ujemne, które świadczą o braku zakażenia wirusem SARS-CoV2, mimo jego obecności w drogach oddechowych pacjenta. Najlepszym potwierdzeniem wyniku testu genetycznego jest wykonanie dodatkowo badań serologicznych pozwalających na wykrycie przeciwciał przeciwko wirusowi SARS-CoV2.

Tekst powstał przy wsparciu dr. Pawła Zmory z Instytutu Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk.

Zrozumieć COVID-19. Opracowanie zespołu ds. COVID-19 przy Prezesie PAN