1 marca 2013 r. odbyło się posiedzenie Rady Naukowej poświęcone przyjęciu sprawozdania Dyrekcji z działalności Instytutu w 2012 roku. Gościem specjalnym był prof. Stefan Malepszy, Przewodniczący Rady Kuratorów Wydziału II Nauk Biologicznych i Rolniczych PAN.
W dniach 15-16 stycznia 2013 roku odbyły się w Instytucie Warsztaty Zaawansowanej Mikroskopii Fluorescencyjnej i Konfokalnej „Recent advances and apllications in confocal and widefield microscopy”. Organizatorami spotkania byli: firma KAWA.SKA Spółka z o.o. i Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego, reprezentowany przez Pracownię Mikroskopii Konfokalnej przy udziale Leica Microsystems GmbH (Niemcy).
Narodowe Centrum Nauki ogłosiło ranking liderów badań podstawowych w 15 konkursach ogłoszonych i rozstrzygniętych w latach 2011–2012. Instytut Nenckiego znalazł się w ścisłej dziesiątce, jako jedyna nieuczelniana jednostka badawcza. Na łamach "Gazety Wyborczej" poinformował o tym prof. dr hab. inż. Andrzej Jajszczyk, dyrektor NCN.
Zajęcia z termodynamiki nie należą do ulubionych przez studentów. Niewłaściwie wykładana, termodynamika kojarzy się zwykle ze zbiorem luźno powiązanych faktów. Nowy podręcznik tego przedmiotu, napisany przez profesorów Instytutu Chemii Fizycznej PAN w Warszawie, w prosty sposób przekazuje najważniejsze idee termodynamiki i prezentuje ją jako ścisłą dziedzinę o spójnej, logicznej i przejrzystej strukturze.
Dr Katarzyna Radwańska z Pracowni Neurobiologii, kierowanej przez prof. Leszka Kaczmarka (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. M. Nenckiego), została laureatką IV edycji Programu POMOST Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej, współfinansowanego przez Unię Europejską z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Projekt dotyczy roli kolców dendrytycznych o złożonym unerwieniu w powstawaniu pamięci.
W dniach 6-9 marca 2012 r., jak co roku, w Instytucie Nenckiego gościli stypendyści Krajowego Funduszu na rzecz Dzieci. 30 osób uczestniczyło w zajęciach praktycznych, zorganizowanych przez sześć pracowni.
W Instytucie Biologii Doświadczalnej PAN im. Marcelego Nenckiego powstała nowa Pracownia Neurobiologii Emocji, kierowana przez dr Ewelinę Knapską.
Narodowe Centrum Nauki przedstawiło sprawozdanie za rok 2011. Instytut Nenckiego znalazł się na 9 miejscu wśród wszystkich, krajowych jednostek biorących udział we wszystkich rodzajach konkursów ogłoszonych przez NCN. Z 41 złożonych wniosków finansowanie uzyskały 23. Klasyfikacja dokonana w ramach tematyki badawczej (4 konkursy z zakresu Nauki o życiu) lokuje Instytut Nenckiego na miejscu 2, z dwudziestoma przyjętymi wnioskami.
W Instytucie Nenckiego powstaje środowiskowa Pracownia Obrazowania Struktury i Funkcji Tkanek w ramach Centrum Neurobiologii. Kierownikiem Pracowni, wybranym w wyniku konkursu, został dr Tytus Bernaś.
W Instytucie Nenckiego uruchomiona została środowiskowa Pracownia Obrazowania Mózgu w ramach Centrum Neurobiologii. Kierownikiem Pracowni, wybranym w wyniku konkursu, został dr Stefan Gaździński.
